К сожалению, через 100 лет после начала его строительства из-за ветхости дворец был разобран, и только благодаря повелению императрицы Екатерины II перед его разборкой предварительно были сделаны все замеры и создан деревянный макет дворца, по которому стало возможно его восстановление в наши дни.

Основной объем работ по строительству "старого дворца" уже к 1668 году выполнила артель плотников под руководством Сеньки Петрова и Ивашки Михайлова. На всех этапах строительных работ были задействованы лучшие мастера Москвы и других городов. Росписи интерьеров дворца создавались мастерами Оружейной палаты.

Во времена Алексея Михайловича дворец был не только местом отдыха, но и главной загородной резиденцией российского государя. Здесь проходили заседания Боярской думы, "истребленной" впоследствии Петром I, советы с главами приказов (прообразами министерств), дипломатические приемы и войсковые смотры.
"Современный" дворец не является полностью деревянным в отличие от его оригинального образца. Все конструкции теперь монолитные, железобетонные, которые затем обложены бревнами. Ориентация нового дворца относительно сторон света тоже нарушена, сейчас дворец повернут вокруг вертикальной оси на 90 градусов, что нарушило его, в том числе, сакральное назначение.